Lẽ ra, anh hoàn toàn có quyền lựa chọn công tác tại Hà Nội, bởi trước đó anh đã có nhiều năm công tác thực tiễn ở tỉnh miền núi Hà Giang. Song với tinh thần của người lính, anh hăm hở khoác ba lô lên Suối Hai - Ba Vì cùng đồng đội tham gia mặt trận công tác giáo dục - đào tạo trong lực lượng CAND. Do có quá trình tham gia công tác thực tiễn, lại được đào tạo cơ bản cả về lý luận Mác-Lê Nin, pháp luật và nghiệp vụ CAND nên khi đứng trên bục giảng, anh đã truyền thụ tri thức cho sinh viên một cách sáng tạo, chất lượng và hiệu quả. Liên tục nhiều năm anh đạt danh hiệu giảng viên dạy giỏi của khoa, của trường.  

Có trình độ Phó Tiến sĩ, lại là người có bề dày công tác thực tiễn, nhiều kinh nghiệm giảng dạy và năng lực quản lý, nên anh đã được các thế hệ cán bộ, học viên Học viện CSND yêu mến, cấp trên tin tưởng giao nhiều trọng trách từ Trưởng khoa Chính trị 2, Trưởng phòng Công tác chính trị và Tổ chức cán bộ, Phó Hiệu trưởng rồi Bí thư Đảng ủy, Giám đốc Học viện CSND (1992 -2005). Dù ở bất cứ cương vị công tác nào, trong mọi hoàn cảnh anh đều hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao.

Đầu những năm 1990, Trường Đại học Cảnh sát nhân dân chuyển từ Suối Hai về Hà Nội, cơ sở vật chất còn rất nghèo nàn, thiếu thốn. Cùng với tập thể Đảng ủy - Ban Giám hiệu anh đã có những quyết định sáng suốt, một mặt vừa tích cực xây dựng ký túc xá, phòng học cho sinh viên, mặt khác kịp thời, nhạy bén trong việc mua đất, xin đất cấp cho cán bộ, chiến sỹ xây dựng nhà ở để an cư lạc nghiệp. Nhờ có quyết định kịp thời, đúng đắn đó nhà trường từng bước có cơ sở vật chất khang trang, hàng trăm cán bộ, giảng viên Học viện đã có nhà ở, yên tâm công tác, làm việc có chất lượng hiệu quả hơn. 

Trăn trở với sự phát triển của Học viện CSND, Giám đốc Nguyễn Duy Hùng đặc biệt coi trọng công tác xây dựng đội ngũ cán bộ, giảng viên có trình độ cao. Anh luôn động viên khuyến khích và tạo mọi điều kiện thuận lợi cho cán bộ, giảng viên đi đào tạo nâng cao trình độ cả trong và ngoài nước. Sau nhiều năm học tập, với sự động viên giúp đỡ của nhà trường, hàng chục cán bộ, giảng viên đã đạt học vị Phó Tiến sĩ. Hàng chục Phó Tiến sỹ trong những năm đầu của thập kỷ 90, thực sự là một nguồn nhân lực chất xám quí báu, có ý nghĩa to lớn của Học viện CSND. Nhờ có đội ngũ giảng viên có trình độ trên mà Học viện CSND được Nhà nước giao nhiệm vụ đào tạo Cao học 1992 và Nghiên cứu sinh 1995. Sự kiện này có một phần không nhỏ công lao đóng góp của Giám đốc Nguyễn Duy Hùng. 

Giám đốc Nguyễn Duy Hùng rất quan tâm đến công tác xây dựng đội ngũ cán bộ lãnh đạo chỉ huy. Trong bổ nhiệm cán bộ lãnh đạo chỉ huy, Giám đốc Nguyễn Duy Hùng luôn có cái nhìn phát triển, không thành kiến, hẹp hòi; biết gạt bỏ những sai lầm, khiếm khuyết, lựa chọn những nhân tố tích cực trong mỗi con người  để sử dụng.  Kết quả, mọi cán bộ, giảng viên có trình độ cao, có phẩm chất tốt đều được trọng dụng, bổ nhiệm chức vụ lãnh đạo và trở thành những cộng sự đắc lực của Giám đốc, đội ngũ này đã phát huy triệt để khả năng của mình phục vụ thiết thực sự nghiệp giáo dục, đào tạo của Học viện CSND.

Giám đốc Nguyễn Duy Hùng luôn khẳng định, người giảng viên đại học phải thực hiện tốt hai chức năng giảng dạy và nghiên cứu khoa học. Vì thế, trong công tác giảng dạy Giám đốc rất quan tâm tới hoạt động bồi dưỡng đội ngũ giảng viên, chăm lo phong trào thi đua dạy tốt, học tốt trong Học viện. Nhờ đó mà đội ngũ giảng viên của trường đã trưởng thành nhanh chóng, nhiều người được bổ nhiệm các chức danh giảng viên chính, rồi Phó giáo sư, Giáo sư; Được vinh danh các danh hiệu cao quý Nhà giáo nhân dân, Nhà giáo ưu tú. Trong công tác nghiên cứu khoa học Giám đốc gương mẫu đi đầu trong thực hiện hoạt động nghiên cứu, đã thực hiện thành công nhiều đề tài cấp Nhà nước, cấp Bộ. Các đề tài nghiên cứu của Giám đốc Nguyễn Duy Hùng đều có giá trị lý luận và thực tiễn cao được triển khai thực hiện trong thực tiễn, được đưa vào giảng dạy, tham khảo trong các trường CAND. Dưới sự chỉ đạo của Giám đốc Nguyễn Duy Hùng hoạt động nghiên cứu khoa học của Học viện đã đạt nhiều thành tựu tích cực, vững chắc, tạo đà cho sự phát triển mạnh mẽ của hoạt động này trong Học viện CSND những năm tiếp theo. 

Để phục vụ cho việc dạy tốt, học tốt, trong nhà trường rất cần có hệ thống tài liệu học tập, nghiên cứu. Giám đốc Nguyễn Duy Hùng rất quan tâm và chỉ đạo quyết liệt việc biên soạn hệ thống giáo trình, tài liệu tham khảo phục vụ dạy - học. Hàng trăm đầu giáo trình, tài liệu chuyên khảo trải đều trên tất cả các môn học thuộc chương trình đào tạo đại học đã được biên soạn, nghiệm thu đúng tiến độ. Với hệ thống in ấn hiện đại, tất cả các giáo trình, tài liệu tham khảo của Học viện đều được xuất bản với số lượng lớn, chất lượng cao, hình thức đẹp, đã đến tay người học và thực sự trở thành phương tiện hữu hiệu giúp thày trò nâng cao chất lượng dạy - học. Việc tập trung nguồn lực xây dựng các phòng học chuyên dùng, các công cụ phương tiện giảng dạy tiên tiến, thư viện điện tử hiện đại... được Giám đốc chỉ đạo triển khai trong thời kỳ này đều nhằm mục tiêu giúp tri thức đến với người học một cách nhanh chóng, toàn diện và hiệu quả nhất.

Sẽ là thiếu sót nếu không nói đến vai trò của Giám đốc Nguyễn Duy Hùng trong việc vận động cho ra đời Tạp chí Trật tự an toàn xã hội - nay là Tạp chí CSND - Cơ quan nghiên cứu lý luận nghiệp vụ khoa học của Học viện CSND. Với trọng trách là Tổng biên tập, Giám đốc Nguyễn Duy Hùng đã dày công tổ chức, rèn luyện đội ngũ biên tập viên, phát triển đội ngũ cộng tác viên, nâng cao chất lượng Tạp chí, đưa Tạp chí lên vị trí quan trọng trong hệ thống báo chí quốc gia. Nhờ có Tạp chí mà hoạt động tuyên truyền giáo dục đào tạo của Học viện ngày càng hiệu quả; cán bộ, giảng viên, học viên có thêm môi trường thuận lợi để rèn luyện khả năng khoa học của mình. 

Công lao và sự cống hiến của Giám đốc Nguyễn Duy Hùng đối với sự phát triển của Học viện CSND đã được khẳng định. Anh đã được Đảng, Nhà nước phong tặng danh hiệu Giáo sư - Nhà giáo nhân dân và Thủ tướng Chính phủ phong quân hàm Thiếu tướng. Hình ảnh Nhà giáo nhân dân, Thiếu tướng, GS, TS Nguyễn Duy Hùng - người Giám đốc tâm huyết và tận tụy vì sự nghiệp giáo dục - đào tạo in đậm trong tâm trí cán bộ, học viên Học viện CSND.